על מנת להבין את שורשי העימות שבין מייסדי ק. מוצקין לבין הנהלת הקק"ל שעל אדמותיה נבנתה הקריה, יש לרדת לעומק היסוד הרעיוני שמאחורי הקמת המוסד ואופי פעולתו. להלן קיצור תולדות המוסד.

רעיון הקמת הקק"ל עלה ב1884 בוועידת קטוביץ, ונידון שוב ב1897 בקונגרס הציוני הראשון. פרופ' צבי הרמן שפירא העלה הצעה להקים קרן לאומית עממית, לרכישת אדמות בא"י. ההצעה התקבלה ונקבע "יש צורך מיוחד בייסוד קרן לאומית ובנק יהודי". הרצל עיכב את העלאת הנושא לדיון, משום שקיווה לקבל קודם מהסולטאן התורכי זיכיון להקמת מדינת היהודים, רק אז יהיה צורך בקרן שתרכוש אדמות.

בדצמבר 1901כונס הקונגרס החמישי בבאזל והזיכיון המיוחל נראה רחוק. יונה קרמניצקי, תעשיין ומהנדס חשמל במקצועו, החליט לדחוק בהרצל להקים את הקרן בלי קשר לכל צעד מדיני אחר. בזכותו קם אחד המוסדות הגדולים, שהיה לכלִי העבודה של ההסתדרות הציונית בא"י "קרן קימת לישראל". זה הרגע בו שמה הציונות פעמיה לא"י, לא רק במילים אלא בגאולת אדמה באמצעות קרן לאומית, של העם למען העם.

הרצל בנאומו אמר "הגיעה השעה להגשים את יצירת "הקרן הלאומית. העם יהיה המנדב וגם בעליו של הון תכליתי זה, לעולם". לאחר 4 ימי דיונים הרגישו הצירים שכאן יקום או ייפול המפעל החשוב ביותר, שיחזיר את עם ישראל לאדמתו. ד"ר שליט "הקרן תהיה קניין עד לעם היהודי. בכספיה לא ישתמשו אלא לקניית קרקעות". הוזכר גם חזונו של שפירא שנפטר לפני הקונגרס השני ב1898: "כשיוגשם רעיון הקרן הלאומית, אוכל למות במנוחה. אני אומר להפך: אם תהיה הקרן חיה וקיימת, אוכל לחיות במנוחה".

להצעת שפירא היו תומכים רבים ומתנגד אחד, המשפטן מכס בודנהיימר שתבע ניסוח משפטי מדויק של מטרות הקרן לפני שתאושר. ההצבעה על הקמת הקרן נדחתה מקונגרס לקונגרס. גם באותו יום בדצמבר, ברוב של81 קולות מול 54 הוחלט לדחות את ההצבעה לקונגרס הבא. הרצל לא נכח באולם כאשר נפלה ההחלטה, אחד מהצירים הודיע לו על כך וסיפר לו, שיונה קרמניצקי שהוביל את ההצעה, פרץ בבכי בעקבות ההחלטה.

הרצל שב לאולם ובעצת עוזרו דוד וולפסון, (לימים הנשיא השני של ההסתדרות הציונית), הציע להצביע מחדש. תחילה יצביעו בשאלה העקרונית האם לייסד את הקרן ואח"כ ידונו בתפקידיה, לדבריו "כדי שלא נתפזר שוב באפס מעשה, ברשותכם להחליט לדחות את הקמת הקרן לעוד שנתיים או עד לימות המשיח". בהצבעה החוזרת ברוב של105 מול 82, ב 29.12.1901, נוסדה "הקרן הלאומית-יהודית".

קרמניצקי הודיע מיד שהוא תורם 10 לירות שטרלינג, התרומה הראשונה שנרשמה לחשבון הקרן. הרצל ודוד וולפסון מיהרו לבשר על תרומתם, מיד אחריהם עלו על הבמה צירים נוספים ומסרו את תרומותיהם. אלה ממלאות את הדף הראשון בכרך הראשון של ספר הזהב.

ארבע שנים לאחר שהרצל רשם ביומנו בתום הקונגרס הראשון, "בבאזל ייסדתי את מדינת היהודים", ייסד באותה עיר את הקרן, שכעבור 50 שנה קבעה במידה רבה, את גבולותיה של המדינה שחזה.

יונה קרמניצקי נבחר למנהל הקרן. והקים 3 מפעלים ייחודיים שמלווים את הקרן מראשיתה. ספר הזהב שבו נרשמו התורמים למען רכישת אדמות. הדפיס את בול הקרן "בול ציון", לשימוש במסמכי המוסדות הציוניים, שהודפס ב-30 מיליון עותקים. יהודי העולם השתמשו בו לצד הבול הרשמי של המדינה. הסכום שנאסף לא היה גדול, בגלל ערכו הנמוך של הבול, אך היווה מכשיר תעמולתי חשוב. יהדות התפוצות נחשפה באמצעותם לנופי א"י ואדמתה.

כך גם מומש רעיונו של חיים קליינמן פקיד בנק מגליציה, קופסת ה"קרן לאומית". הקופסאות הועברו כמעט לכל מקום בו ישבו יהודים. היה ברור כי התרומות מן הקופסה יהיו קטנות, אבל בעלות חשיבות לחינוך ציוני ויצירת זיקה בין יהודי הגולה לא"י. ילדי הגולה הכירו את מפת הארץ ונקודות ההתיישבות בזכות קווי הגבול והנקודות שהופיעו עליה. בזכות צבעה הכחול נקראה "הקופסה הכחולה".

בשנה הראשונה זכתה הקרן גם בחלקת אדמה ממש בא"י. יצחק גולדברג מחובבי ציון ברוסיה, תרם לקרן 200 דונם בחדרה. וכספים לרכישת אדמה בהר הצופים בירושלים, שעליה תוקם האוניברסיטה העברית.

ב 1902 אוסישקין בכרוז שכתב: "אני קורא לכם אחים, לעבודה קשה ומייגעת, כבירה ונאצלה בתכליתה, גאולת א"י למען עם ישראל". בכרוז אחר "אין להחמיץ כל הזדמנות, אסיפה, פגישת רעים, מסיבה, שמחה ונשף לאיסוף כספים למען הקק"ל". 20 שנה אח"כ נבחר לעמוד בראש הקרן בשני עשורים, בהן ביצע את רכישות האדמה הגדולות שלה.

בקונגרס השישי, הצעת "אוגנדה" של הרצל עמדה בראש הדיונים וכמעט פילגה את התנועה. ההצעה נפלה והוקמה ה"ועדה ארץ-ישראלית" שאפשרה לקרן להתחיל ולרכוש קרקעות בא"י.

ב1904 רכשה הקרן את האדמות הראשונות, אדמות כפר חיטים בגליל התחתון, 2000 דונם בחולדה ו1600 דונם בבית עריף (בן שמן) מזרחית ללוד. הקרן לא הייתה עדיין גוף מוּכר משפטית, החוק התורכי לא אפשר לחברות לרכוש קרקע, לכן נרשמה הקנייה ע"ש דוד לבונטין מאנשי ראשון לציון. באמצעות יהושע חנקין נרכשו והועברו לידי הקרן גם אדמות דלייקה ואום ג'וני שליד הכינרת.

אוסישקין פרסם כרוז נוסף לצירי הקונגרס השביעי, שלא להסתפק "בעבודה פוליטית" ולעבור "לעבודה מעשית", להשגת זיכיון להקמת מדינה יהודית. במסמך "הפרוגרמה הציונית שלנו", תבע להלאים קרקע באמונה ש"הלאמה תוכל להתגשם רק ע"י הקק"ל".

ב1905 סייעה קק"ל לרכישת אדמה גם למטרות חינוכיות בירושלים. נרכשו שני "ארמונות" גדולים במערב ירושלים מחוץ לחומות, שנועדו לביה"ס למלאכה ולאומנות בצלאל.
ב1906 הלוותה הקרן כסף להקמת אחוזת בית השכונה מחוץ ליפו, גרעין העיר העברית הראשונה תל-אביב.

הקרן מימנה משלחת לחקירת הצומח וטיב הקרקעות בבקעת יריחו, ים המלח והגליל העליון. למשלחת הצטרף אהרון אהרונסון הבוטנאי מזיכרון יעקב, ובצפונה של א"י גילה את אם החיטה, הפריט הקדום ביותר של חיטת הבר. בזכות התגלית הזו תרמה הקרן ב1910את הכסף לרכישת אדמת התחנה בעתלית וסייעה בהפעלתה.

הקרן פעלה גם לייעור הארץ. הרצל שנלהב מהרעיון ש"כל יהודי ירכוש עץ בארץ", לא שיער בנפשו שהיער הראשון שתיטע קק"ל ישא בתוך זמן קצר את שמו, יער הרצל (נפטר ב1904 בגיל 44). הומלץ לטעת עצי זית משום ש"העץ מאריך ימים יותר משאר עצי הפרי והנטיעה בא"י היא מעשה לדורות". כעבור שנים הוחלט לטעת גם עצי סרק, חורשת עצי זית ואורן הראשונה שניטעה בחולדה היא ראשית מפעל הייעור של קק"ל.

ב1907 עברו משרדי הקרן מווינה לקלן שבגרמניה. מכס בודנייהמר שניסה לדחות את הקמתה, נבחר לעמוד בראשה ולנהל אותה בקונגרס השמיני. ביפו הוקם המשרד הארצישראלי לניהול פעולות ההתיישבותית בארץ. למשרד ששכר ארתור רופין, הגיעו אנשי העלייה השנייה ומשם נשלחו להתיישב לעלות על הקרקע.

אז התברר שלא די ברכישה אלא יש צורך מיידי לעבד את הקרקע כדי להימנע מסכנת ה"מחלול", (הפקעת קרקע בשל אי עיבודה במשך 3 שנים). התברר כי הגאולה תעשה לא רק בספרי הטאבו ובהעברת הקושאן, אלא בסיקול, חריש, נטיעה והתיישבות. בתוך 6 שנים מיום הקמתה, הפכה הקרן לגורם ההתיישבותי המרכזי בשנות העלייה השנייה, והייתה שותפה במפעל התיישבות הציוני בא"י. בעקבות החלטת הקונגרס תרמה הקרן אדמה ברחוב אחד העם בת"א שעליה ב1910 הוקמה גימנסיה הרצליה. ניתן גם סיוע להקמת ביה"ס הריאלי בחיפה, הגימנסיה העברית בירושלים וביה"ס תחכמוני בת"א.

ב1908 קמה מושבת הפועלים עין גנים באדמות דלייקה, נוסדה חוות כינרת ובה חוות פועלים ומשק פועלות. ב1909 הוקמה באום ג'וני קבוצת דגניה, "אם הקבוצות".

בתום 10 השנים הראשונות הייתה קק"ל בעלת אדמות בא"י, מי שמיישבת את האדמות שגאלה, בעלת יער ראשון ותומכת בחינוך ציוני.

עד הקמת המדינה מילאה הקרן תפקיד מכריע בביסוס ההתיישבות היהודית בא"י. נרכשו אדמות בעמק יזרעאל, הרי יהודה, עמק זבולון ומפרץ חיפה (בהן אדמות ק. מוצקין (מ)), עמק חפר, עמק בית שאן ועוד. קרקעות נרכשו מידי לא-יהודים, והוחכרו או נמסרו ליהודים להקמת יישובים חדשים או להרחבת הקיים, אך נותרו בבעלות ההסתדרות הציונית כנציגת הלאום היהודי.

לאחר קום המדינה איבדה קק"ל את תפקידה המרכזי גאולת הקרקע, כל הקרקעות ללא בעלים רשומים הפכו לאדמות מדינה. יעדי הקרן שונו והיא החלה להתמקד בעיקר בייעור.

בשנת 1960 חוקקה הכנסת את "חוק יסוד: מקרקעין", שקבע כי קרקעות המדינה וקק"ל הן בבעלות העם היהודי. אין למוכרן אלא למוסרן בהחכרה בלבד. ב1961 נחתמה בין הקק"ל למדינת ישראל אמנה, לפיה הוקמה רשות ממשלתית, מנהל מקרקעי ישראל, לניהול קרקעות המדינה וקק"ל. קק"ל, תעסוק בהכשרה ובייעור קרקעות המדינה וקק"ל כאחת.